Die Verhandlungen der Physikalisch-Medizinischen Gesellschaft zu Würzburg bildeten seit der Gründung der Physico-Medica deren zentrales wissenschaftliches Publikationsorgan, in dem v.a. originäre Forschungsergebnisse veröffentlicht wurden.

Die ersten beiden Bände der Verhandlungen erschienen noch im Verlag von Ferdinand Enke in Erlangen. Ab dem 1852 publizierten dritten Band übernahm dann der Verlag der Stahel’schen Buchhandlung in Würzburg Druck und Vertrieb. Mit dem 1860 vorgelegten zehnten Band wurde das Erscheinen der Verhandlungen eingestellt. Zwischen 1861 und 1867 gab die Physikalisch-Medizinische Gesellschaft stattdessen zwei andere Periodika heraus: Die Würzburger medicinischen Zeitschrift und die Würzburger naturwissenschaftlichen Zeitschrift. Auf deren Einstellung folgte die Wiederbegründung der Verhandlungen der Physikalisch-Medizinischen Gesellschaft mit dem Zusatz Neue Folge. Ab 1868/69 wurde die Zeitschrift von der Stahel'sche Kunst- und Buchhandlung verlegt. Die Redaktion der Bände lag weiterhin bei prominenten Mitgliedern der Gesellschaft, wie den Professoren Albert von Koelliker (1817-1905) und Friedrich Wilhelm Scanzoni von Lichtenfels (1821-1891).

Ebenfalls in den Verhandlungen enthalten waren die gedruckten Sitzungsberichte der Physico-Medica für die Jahre 1849 bis 1859 und 1868/69 bis 1934/35, wobei diese erst ab dem Gesellschaftsjahr 1852 in einer eigenen Sektion des jeweiligen Jahresbandes zusammengefasst wurden. Zwischen 1860 und 1866/67 erschienen die Berichte parallel in zwei anderen Organen, die ebenfalls von der Gesellschaft herausgegeben wurden und temporär die Verhandlungen abgelöst hatten: Der Würzburger medicinischen Zeitschrift und der Würzburger naturwissenschaftlichen Zeitschrift.