Zwischen 1860 und 1866/67 wurden von der Physikalisch-Medizinischen Gesellschaft zu Würzburg sechs Bände der Würzburger naturwissenschaftlichen Zeitschrift herausgegeben. Druck und Verlag erfolgten durch die Stahel'sche Buch- und Kunsthandlung. Die Redaktion übernahmen in wechselnder Konstellation u. a. Heinrich Müller (1820-1864), August Schenk (1815-1891), Joseph Eberth (1835-1926), Friedolin Sandberger (1826-1898) und Albert von Koelliker (1817-1905).

In der Zeitschrift wurden neben Fachbeiträgen auch die Sitzungsberichte der Physico-Medica für die Jahre 1860 bis 1865/66 sowie die Jahresberichte der Gesellschaft zum Abdruck gebracht. Parallel erschienen diese auch in der Würzburger medicinischen Zeitschrift. Mit dem sechsten Band wurde die Würzburger naturwissenschaftliche Zeitschrift eingestellt.