Seit 1868/69 erschienen die Verhandlungen der Physikalisch-Medizinischen Gesellschaft zu Würzburg mit dem Titelzusatz Neue Folge. In ihnen wurden Beiträge renommierter Wissenschaftler und Nobelpreisträger zum Abdruck gebracht, wie z. B. der Bericht über die Entdeckung der Röntgenstrahlen aus dem Jahr 1896.

Die ersten beiden Bände der Verhandlungen der Physikalisch-Medizinischen Gesellschaft erschienen noch im Verlag von Ferdinand Enke in Erlangen. Ab dem 1852 publizierten dritten Band übernahm dann der Verlag der Stahel’schen Buchhandlung in Würzburg Druck und Vertrieb. Mit dem 1860 vorgelegten zehnten Band wurde das Erscheinen der Verhandlungen temporär eingestellt. Zwischen 1861 und 1867 gab die Physikalisch-Medizinische Gesellschaft statt der Verhandlungen zwei andere Periodika heraus: Die Würzburger medicinischen Zeitschrift und die Würzburger naturwissenschaftlichen Zeitschrift. 1868 folgte die Wiederbegründung der Verhandlungen der Physikalisch-Medizinischen Gesellschaft mit dem Zusatz Neue Folge. Der Druck erfolgte erneut durch die Stahel'sche Kunst- und Buchhandlung. Die Redaktion der Bände lag weiterhin bei prominenten Mitgliedern der Gesellschaft, wie den Professoren Albert von Koelliker (1817-1905) und Friedrich Wilhelm Scanzoni von Lichtenfels (1821-1891).

Ebenfalls in den Verhandlungen enthalten waren die gedruckten Sitzungsberichte der Physico-Medica für die Jahre 1849 bis 1859 und 1868/69 bis 1934/35, wobei diese erst ab dem Gesellschaftsjahr 1852 in einer eigenen Sektion des jeweiligen Jahresbandes zusammengefasst wurden. Zwischen 1860 und 1866/67 erschienen die Berichte parallel in zwei anderen Organen, die ebenfalls von der Gesellschaft herausgegeben wurden und temporär die Verhandlungen abgelöst hatten: Der Würzburger medicinischen Zeitschrift und der Würzburger naturwissenschaftlichen Zeitschrift.

Zeitweise umfasste die Neue Folge der Verhandlungen auch weitere Beilagen, wie die medizinische Statistik der Stadt Würzburg (1871-1898), die Pharmakologischen Untersuchungen (1873-1882) oder ein Bericht über die Irren-Abtheilung des Juliusspitals (1870).