Im Jahr 1869 erschien der erste Band der Neuen Folge der Verhandlungen der Physikalisch-Medizinischen Gesellschaft. Fortan bildeten sie bis zum Jahr 1936 wieder das wissenschaftliche Organ, in dem die originären Forschungsergebnisse der Physico-Medica publiziert wurden. Auch die gedruckten Sitzungsberichte für die Jahre 1868/69 bis 1934/35 wurden in der Zeitschrift veröffentlicht. Zeitweise umfassten die Verhandlungen nun auch verschiedene Beilagen, wie die medizinische Statistik der Stadt Würzburg (1871-1898), die Pharmakologischen Untersuchungen (1873-1882) oder einen Bericht über die Irren-Abtheilung des Juliusspitals (1870).